手动变速器的故障排除方法是：1、检查变速操纵杆及远距离操纵机构杆件系统；2、查看杆件有无变形、运动是否有干涉或卡滞现象；3、检查杆件连接处的间隙是否过大；4、查看连接杆件是否有松脱现象。手动变速器的常见故障有：1、汽车在加速、减速、爬坡或剧烈震动时，变速杆自动跳回空挡位置；2、在离合器彻底分离的情况下，要挂挡挂不上或要摘挡摘不下；3、挂挡时不能顺利挂入挡位；4、在工作过程中发出干磨、撞击、震动等不正常的响声。